长鳍金枪鱼和黄鳍金枪鱼是两种典型的大洋性金枪鱼,具有很多相似之处。与黄鳍金枪鱼相比,长鳍金枪鱼的产量较少,营养更全面,商业价值更高,因此常出现使用黄鳍冒充长鳍,获取更高利润的现象。需要通过某种技术手段对两者进行鉴定和区分。以长鳍和黄鳍金枪鱼背部肌肉为试验材料,采用双向电泳凝胶技术将样品鱼肉蛋白分离,结果长鳍和黄鳍金枪鱼差异蛋白点数共279个(P<0.05),其中62个蛋白点为种间特异蛋白。最终筛选18个能代表两种金枪鱼差异且具有统计学意义的差异蛋白点,采用质谱鉴定出12个蛋白质点。其中3个蛋白质点为同源蛋白质,共鉴定出8种能够区分长鳍和黄鳍金枪鱼的差异蛋白,分别为:骨骼肌肌球蛋白重链、肌球蛋白重链-1、肌球蛋白重链-2、肌球蛋白轻链-2、14-3-3γ蛋白、β-肌动蛋白、胆盐激活脂肪酶1和肌生成抑制素蛋白。采用蛋白组学的方法分析并鉴定长鳍和黄鳍金枪鱼差异蛋白,为金枪鱼品种鉴定及进加工利用奠定基础。