为了研究蒲城椽头馍种子面团中的主要菌种酵母菌和乳酸菌的多样性,随机采取椽头馍传承人、西关椽头馍生产作坊、蒲城椽头馍厂、高阳村、九堂、石龙村、兴蒲清真食品厂及2个体户9份椽头馍种子面团进行分离、纯化、鉴定,得出酵母菌检出量在7.05×102~1.5×106CFU/g (干基),乳酸菌为1.08×103~1.94×106 CFU/g (干基)。通过26S r DNA D1/D2区和ITS区分析,54株酵母菌隶属于酿酒酵母,异常威克汉姆酵母,库德里阿兹威(氏)毕赤酵母,锁掷孢酵母。其中酿酒酵母在除高阳村外的8份样品中均有检出,且在系统发育树上聚集在一个由42株菌构成的大分支上,即优势酵母菌。7株乳酸菌通过16S rRNA序列分析,隶属于瑞士乳杆菌,戊糖片球菌,在西关椽头馍生产作坊和个体户2鉴定出5株瑞士乳杆菌,占71%,为优势菌。结果表明:蒲城椽头馍种子面团中酵母菌、乳酸菌具有一定的多样性,酿酒酵母和瑞士乳杆菌为其中的优势菌。