目的： 分析清香型大曲微生物整体数量、种类，确定清香型大曲优势菌，为进一步解析清香型大曲功能微生物，筛选优良酿造微生物奠定基础。方法：利用传统培养分离方法和高通量测序技术相结合，对采自北京、山西、台湾、黑龙江、河北5地的11份清香型大曲进行微生物种群多样性分析。结果：传统分离结果表明：11种清香大曲微生物总数各不相同，不同大曲中真菌数量均多于细菌数量。扣囊覆膜酵母是大曲真菌的主要组成部分，乳酸菌和芽孢杆菌分别构成不同大曲细菌的优势类群。高通量分析结果表明：11种大曲真菌多样性较为一致，扣囊覆膜酵母是优势真菌。细菌多样性则较为丰富，主要由乳酸菌、芽孢杆菌、放线菌、泛菌属、葡萄球菌5类组成。其中乳酸菌类是优势细菌，主要包括融合魏斯氏菌、戊糖片球菌、柠檬明串珠菌、耐酸乳杆菌这4个种。结论：清香型大曲微生物多样性丰富，不同大曲样品微生物总数差异较大，真菌数量远大于细菌数量。扣囊覆膜酵母、乳酸菌和芽孢杆菌为清香大曲真菌和细菌的主要组成部分。