芝麻过敏原Ses i 3同源建模及B细胞线性抗原表位预测
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Homology Modeling and Prediction on B Cell Liner Antigenic Epitopes of Ses i 3 from Sesamum indicum
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    摘要:

    为预测芝麻过敏原Ses i 3的B细胞线性抗原表位和三级结构,使用SOPMA、DNAStar和The BepiPred1.0 Server等生物信息学软件,采用多种方案对Ses i 3抗原性指数、亲水性、表面可及性、柔韧性等参数及其二级结构进行预测,对预测抗原表位综合分析。利用SWISS-MODEL程序进行同源建模并用Ramachandran软件评价结构稳定性。结果:序列SESKDP,RQKHQGEHG,NRKSP,QHG,YQREKGRQDDDNPTDPEKQY,RRQG,KYREQQGREGGRGE,EGR,EQGR,QHG,RQDR, ENP,RHE,ESK,RPTH,ASQ,SRSRGSYQGETRGRP,ANNNE,SRSQQ,GPRQQQQGR 最可能是Ses i 3蛋白的B细胞线性抗原表位。以5e1r.2为模板,同源建模的方式成功构建了芝麻过敏原Ses i 3蛋白的三级结构,并经Ramachandran评价显示蛋白模型构象稳定。此结果为制备特异性抗体肽段及过敏原检测等提供了依据。

    Abstract:

    In order to predict the structure and B cell liner epitopes of sesame allergen Ses i 3, the bio-information Editseq software of DNAStar, the network server-SOMPA and The BepiPred 1.0 Server were used to predicted the antigenicity, hydrophilicity, surface probability, flexibility and secondary structure. The B-cell prediction epitope was synthetically analyzed. The tertiary structure of Ses i 3 protein was successfully built by homology modeling with SWISS-MODEL and evaluated by the Ramachandran software for stability. Results indicated that B-cell liner epitopes had the high probability in the regions of SESKDP, RQKHQGEHG, NRKSP, QHG, YQREKGRQDDDNPTDPEKQY, RRQG, KYREQQGREGGRGE, EGR, EQGR, RQDR, ENP, RHE, ESK, RPTH, ASQ, SRSRGSYQGETRGRP, ANNNE, SRSQQ, GPRQQQQGR. Homologous modeling with 5e1r.2 as the template successfully constructed the tertiary structure of sesame allergen Ses i 3, and Ramachandran's evaluation showed that the protein model was conformational stable. These results provide a basis for the preparation of specific antibody peptides and the detection of allergens.

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引用本文

马秀丽;张九凯;孙劲旅;李宏;黄文胜;韩建勋;葛毅强;陈颖.芝麻过敏原Ses i 3同源建模及B细胞线性抗原表位预测[J].中国食品学报,2021,(4):9-18

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