乳酸乳球菌乳酸亚种是常用的工业发酵剂菌种，具有较高的经济价值。乳酸乳球菌乳酸亚种BL19与IMAU10978的发酵特性存在较大差异，其中BL19具有良好发酵特性。本文比较2株存在明显发酵特性差异的乳酸乳球菌乳酸亚种BL19与IMAU10978，从基因组与m6A甲基化角度探究2株菌的发酵差异化特性。通过单分子实时（SMRT）测序技术对BL19与IMAU10978进行全基因组测序与m6A甲基化鉴定，并结合NCBI全基因组数据，比较不同菌株的功能基因差异和BL19与IMAU10978的m6A甲基化差异。比较基因组分析表明：试验菌株的平均核苷酸一致性高达98.24%，且其功能基因不存在明显差异，均以碳水化合物和氨基酸代谢等为主。甲基化分析显示：IMAU10978与BL19的肽转运载体、PTS系统和2，3-丁二醇脱氢酶等相关基因的m6A甲基化存在明显差异。本研究分析了BL19与IMAU10978的基因组与m6A甲基化，发现2株菌的亲缘关系近且功能基因较为相似，m6A甲基化差异可能是导致发酵特性差异的重要原因。此外，还初步探究工业发酵剂菌株基因组的表观修饰，为工业菌株的选育提供了理论基础。